Las funciones de la Secretaría de instrucción son:

1. Recibir las denuncias o quejas por posibles faltas. En los casos en los que la Secretaría de instrucción desestime la denuncia sin que se inicie un procedimiento, dará cuenta a la Comisión disciplinaria para actos de hostigamiento sexual en un plazo máximo de siete (7) días calendario.

2. Recibir los descargos.

3. Dictar medidas de protección a la presunta víctima en el plazo de 3 días hábiles.

4. Elaborar el Informe de Archivo o el Informe Inicial de Instrucción, en este último, deberá contener la tipificación de la falta.

5. Solicitar a los diversos órganos o dependencias de la Universidad Nacional Pedro Ruiz Gallo y personas en general su colaboración para el esclarecimiento de las investigaciones.

6. Remite el Informe Final de Instrucción a la Comisión disciplinaria para actos de hostigamiento sexual, en un plazo de diez (10) días calendarios.

7. Realiza las notificaciones necesarias de la etapa de investigación preliminar e instrucción.

8. Elabora el proyecto de resolución de la Comisión disciplinaria para actos de hostigamiento sexual, conforme con las instrucciones recibidas por sus respectivos miembros.

9. Remite copia de lo actuado al Ministerio Público para que proceda de acuerdo a sus atribuciones.

10. Remite a la Unidad de Recursos Humanos, de manera semestral, la relación de denuncias recibidas, las medidas adoptadas, así como el estado de los procedimientos para que dicha información sea remitida a la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria (Sunedu).